O Consórcio Intermunicipal Lagos São João (CILSJ) foi reconhecido pelo Conselho Estadual de Recursos Hídricos – CERHI-RJ em sua resolução CERHI-RJ Nº 84, de 30 de maio de 2012, como entidade delegatária das funções de Agência de Água do Comitê das Bacias Hidrográficas dos Rios Macaé e das Ostras por um período de 5 (cinco) anos a partir da assinatura do Contrato de Gestão, neste mesmo ano.

Com fundamentos na Lei Estadual N° 5.639, de 06 de janeiro de 2010, ouvido o Conselho Estadual de Recursos Hídricos do Estado do Rio de Janeiro, o INEA e o CILSJ celebraram o Contrato de Gestão Nº 01/2012 com a interveniência do Comitê das Bacias Hidrográficas dos Rios Macaé e das Ostras para o exercício das funções de Agência de Água na Região Hidrográfica VIII do Estado do Rio de Janeiro (Resolução Nº 107/2013 do CERHI-RJ). O referido extrato do Contrato de Gestão foi publicado no Diário Oficial do Estado – Ano XXXVIII – Nº 160 – Parte I – Página 23, em 29 de agosto de 2012.

O Contrato de Gestão Nº 01/2012 celebrado entre o INEA e o CILSJ, em 24 de agosto de 2012, tem por objetivo o alcance pela Entidade Delegatária, das metas constantes no Programa de Trabalho – Metas e Indicadores do Contrato de Gestão, no exercício de funções de competência da Agência de Água na Região Hidrográfica Macaé e das Ostras.

Em janeiro de 2015, foi assinado o I Termo Aditivo ao Contrato Contrato de Gestão No. 01/2012 (Termo Aditivo No. 01/2015).

Em 24 de agosto de 2017, foi assinado o II Termo Aditivo ao Contrato de Gestão No. 01/2012 (Termo Aditivo No. 42/2017).

Em 28 de agosto de 2018, foi assinado o III Termo Aditivo ao Contrato de Gestão No. 01/2012 (III Termo Aditivo nº 38).

Em 28 de dezembro de 2018, foi assinado o IV Termo Aditivo ao Contrato de Gestão No. 01/2012 (IV Termo Aditivo Nº 52).

Em 30 de dezembro de 2019, foi assinado o V Termo Aditivo ao Contrato de Gestão No. 01/2012 (V Termo Aditivo nº 64).

Em 10 de fevereiro de 2021, foi assinado o VI Termo Aditivo ao Contrato de Gestão No. 01/2012 (VI Termo Aditivo)

Em 09 de agosto de 2021, foi assinado o VII Termo Aditivo ao Contrato de Gestão No. 01/2012 (VII Termo Aditivo)

Em 28/12/2022 foi renovada a atuação da Entidade Delegatária, por meio do instrumento Contrato de Gestão nº62/2022, celebrado entre o INEA e o CILSJ com a interveniência do CBH Macaé. O objeto deste contrato é a execução, pela Entidade Delegatária, de ações que envolvem apoio ao Comitê, administração financeira dos valores repassados dos recursos do FUNDRHI, bem como a implementação do Plano de Bacia e assuntos especificados no documento de referência.